Помпонацци ставит и вопрос об отношении Бога к миру. Для него является неразрешимой проблема оправдания существующего в мире зла. Он рассуждает так: Бог или правит миром или не правит. Если Он не правит миром, то Он не Бог, а если правит, то откуда такая жестокость? Если Бог сотворил все и является причиной каждого поступка, то почему за каждый конкретный греховный поступок отвечает человек, а не действительная причина — не Бог? Ведь именно Бог в конце концов склоняет человека ко греху.

Помпонацци видит следующий выход: не надо представлять себе Бога как личность, ибо тогда Бог будет подобен, по выражению Помпонацци, «безумному отцу». Бог есть судьба, безличный фатум (как и у Маккиавелли), природа, начало движения, поэтому Он не несет личной ответственности за существующее в мире зло. Бог не имеет свободной воли и потому не отвечает за зло в мире.